Jedes Jahr versterben mehr als 45 000 Menschen in Deutschland an Lungenkrebs. Mit 19,4% belegt diese Erkrankung Platz eins auf der Liste der zehn häufigsten Todesursachen durch Krebserkrankungen, trotz der jährlichen Zulassung neuartiger Krebstherapien. Ein Grund für die Diskrepanz zwischen der wachsenden Zahl an vielversprechenden Krebsmedikamenten und zeitgleich ausbleibender Therapieerfolge ist die noch nicht ausreichend verstandene Tumorheterogenität. Tumore bestehen zum Zeitpunkt der klinischen Diagnose bereits aus einer komplexen Ansammlung von heterogenen Zellen. Deshalb wird die Betrachtung des Primärtumors als Grundlage der Therapieplanung der Komplexität einer Krebserkrankung nicht gerecht. Das Auftreten von Metastasen beziehungsweise peripheren Rezidiven nach Therapie des Primärtumors ist frustran und mitunter der Beginn eines letalen Verlaufs. Als Ausgangspunkt für Metastasierungsprozesses werden die vom Primärtumor durch epithelial-mesenchymale Transition abgelösten Tumorzellen angesehen. Diese zirkulieren nach Eindringen in das Gefäßsystem im Blut und werden als „circulating tumor cells“ bezeichnet. Die umfassende Betrachtung und Einbeziehung dieser Subpopulation an Tumorzellen in Therapieentscheidungen kann einen entscheidenden Beitrag zum besseren Verständnis von Krebserkrankungen liefern und somit die Überlebenschancen der Patient·innen steigern. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein Verfahren zur Detektion und Isolierung von einzelnen lebenden Tumorzellen an den Lungenkarzinom-Zelllinien A549 und LC-103H mithilfe des CellCelectors etabliert und standardisiert. Dies war Voraussetzung für die Präparation der Nukleinsäuren aus den gewonnenen Zellen und die Trennung des Transkriptoms vom Genom einer Einzelzelle. So wurde die erfolgreiche, separate Amplifikation von mRNA und DNA trotz geringer Ausgangsmengen ermöglicht. Die parallele tumorspezifische Analyse von Genom und Transkriptom konnte anhand von ausgewählten Genen erfolgreich durchgeführt werden.