Genomweite Methylierungsanalysen und Identifizierung prognostischer und prädiktiver Marker für das epitheliale Ovarialkarzinom

Steinbach, Daniel GND

Methylierte DNA aus Gefriermaterial von 12 Patientinnen mit und ohne Rezidiv innerhalb 3 Jahren nach Operation des Primärtumor wurde mittels „Methylated CpG Island Recovery Assay“ angereichert und vergleichend auf Agilent CpG-Island Microarrays hybridisiert. Kandidatengene wurden anschließend an einem erweiterten Probenset mittels quantitativer methylierungsspezifischer PCR (q-MS-PCR) untersucht, um Marker mit prognostischer Wertigkeit zu identifizieren. Weiterhin wurden auf demselben Weg parental sensitive und cisplatinresistente Zelllinien unter¬sucht, um prädiktive Marker zu finden. Das Methylierungsmuster der validierten Marker wurde abschließend mit Next-Generation Bisulfitsequenzierung hochauflösend aufgeklärt. Expressionsanalysen gaben Aufschluss über die Auswirkungen der DNA-Methylierung auf die Transkript- und Proteinmenge in den jeweiligen Proben. Es wurden Regionen im Bereich der Gene RUNX3, KATNAL2, ATL1, CAMK2N1, KRT86 und ATOH8 identifiziert, die in Abhängigkeit von der Prognose zum Teil signifikant unterschied¬lich methyliert sind. Kombinationen der Markergene konnten hoch und höchst signifikant die Prognosegruppen unterscheiden und zeigen eine ähnliche Wertigkeit wie der Resektionsstatus. Die Aussagekraft der epigenetischen Markerkombinationen ist zudem unabhängig vom Resektionsstatus. Patientinnen mit einer Methylierung von RUNX3 oder CAMK2N1 wiesen ein signifikant kürzeres progressionsfreies Intervall auf. Weiter konnte die Reproduzierbar¬keit der Methylierungsmuster an Paraffingeweben nachgewiesen werden. Bei der in-vitro Cisplatinresistenzent¬wicklung in Ovarialkarzinomzelllinien fand eine Hypermethylierung von CAMK2N1 statt. Signifikant korrelierte die DNA-Methylierung mit der Genexpression bei 2 Kandidatengenen.

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Steinbach, Daniel: Genomweite Methylierungsanalysen und Identifizierung prognostischer und prädiktiver Marker für das epitheliale Ovarialkarzinom. 2015.

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