Trotz der Möglichkeit, Kinder mit hämatologischen, onkologischen oder nicht-malignen Systemerkrankungen durch eine hämatopoetische Stammzelltransplantation (HSZT) zu heilen, ist diese Behandlung mit einer hohen Rate an Komplikationen assoziiert. Die Graft-versus-Host-Erkrankung (GvHD) ist eine verlaufsdominierende Komplikation der allogenen HSZT. Die Forschung an regulatorischen T-Zellen (Treg Zellen) ist ein vielversprechender Ansatzpunkt zur Unterdrückung der GvHD. Wir verglichen zwei Nachweismethoden der Treg Zellen mittels Durchflusszytometrie. Dabei gilt der intrazelluläre Transkriptionsfaktor FOXP3 als aktueller Goldstandard, während der Nachweis mit dem Oberflächenmolekül CD127 kontrovers diskutiert wird. Wir ermittelten eine signifikante Korrelation zwischen CD4+CD25+FOXP3+ und CD4+CD25+CD127- Zellen. Damit konnten wir zeigen, dass die CD4+CD25+CD127- Zellen der Subpopulation der Treg Zellen entsprechen. Dies bietet die Möglichkeit zur weiteren Nutzung der Treg Zellen. Der Schwerpunkt der Arbeit lag in der Ermittlung des Einflusses der Treg Zellen auf das Therapieergebnis von 70 Patienten, deren allogene HSZT im Zeitraum 05/1994 bis 04/2007 in der Klinik für Kinder- und Jugendmedizin des Universitätsklinikums Jena stattfand. Die Kontrollgruppe bildeten 17 gesunde Kinder und Jugendliche. Die Treg Zellen wurden zum Zeitpunkt vor HSZT sowie an den Tagen 30, 60 und 100 nach HSZT bestimmt. Der Anteil der Treg Zellen bei den Patienten vor HSZT unterschied sich nicht signifikant von der gesunden pädiatrischen Kontrollgruppe. Nach der HSZT stieg der Anteil der Treg Zellen im Verlauf signifikant an und war zu allen Zeitpunkten signifikant höher als vor der HSZT (p < 0,001). Patienten, die an einer akuten GvHD erkrankten, hatten vor der HSZT einen signifikant niedrigeren Anteil von Treg Zellen als Patienten ohne GvHD (0,59% vs. 1,19%, p = 0,037). Dies ist die erste Studie, die zeigt, dass ein verminderter Anteil von Treg Zellen mit einer akuten GvHD nach allogener HSZT assoziiert ist.