Beiträge zu Verbreitung und Analytik des subtilen alternativen Spleißens

Schindler, Stefanie

Das alternative Spleißen (AS) ist ein Hauptakteur der Diversifizierung von Transkriptom und Proteom eines eukaryotischen Organismus. Die Studien dieser Dissertationsschrift thematisieren das erst kürzlich entdeckte subtile AS, das die Einführung kleiner Variationen im Transkript und in vielen Fällen auch im kodierten Protein bewirkt. Im Arabidopsis thaliana-Genom konnte eine häufige Präsenz von NAGNAG Tandem-Motiven nachgewiesen werden, die in den Spleißfaktor-kodierenden SR-Protein-Genen überrepräsentiert sind. Ausgewählte experimentell analysierte Fälle zeigten ähnliche organ- und bedingungsspezifische Änderungen der Splei߬varianten-Verhältnisse. Im Mensch wurde ein völlig neuer, seltener Typus des subtilen AS entdeckt. Eine Population von 36 Introns verwendet TG Dinukleotide als alternative 3’ Splei߬stellen und widerspricht damit den etablierten Spleißregeln. TG-3‘-Splei߬stellen wurden ausschließlich im Kontext einer AG Splei߬stelle mit einer maximalen Distanz von 28 nt gefunden. In deren orthologen 3’ Splei߬stellen sind TG-Dinukleotid und flankierende Intronsequenz zwischen Säuge¬tieren auffällig stark konserviert. Deren Verwendungshäufigkeit steigt mit der Konservierung von Splei߬stelle und flankierender Intronsequenz und wird höchstwahrscheinlich durch cis- und/oder trans-Elemente vermittelt. Zur quantitativen Ermittlung der Splei߬variantenverhältnisse wurden die Pyrosequenzierung und die Fluoreszenz-basierte Kapillarelektro¬phorese verwendet. Beide Methoden wurden hinsichtlich Reproduzierbarkeit und Genauigkeit, Experimentaufbau und Datenanalyse im Vergleich zur häufig verwendeten Polyacrylamid-Gelelektrophorese mit Ethidiumbromid-vermittelter Densitometrie analysiert. CE-LIF erzielte dabei die höchste Genauigkeit und Reproduzierbarkeit und stellte gleichzeitig die arbeits- und zeiteffizienteste Methode dar.

Zitieren

Zitierform:

Schindler, Stefanie: Beiträge zu Verbreitung und Analytik des subtilen alternativen Spleißens. 2009.

Zugriffsstatistik

Gesamt:
Volltextzugriffe:
Metadatenansicht:
12 Monate:
Volltextzugriffe:
Metadatenansicht:

Grafik öffnen

Export