Zu Beginn der praktischen Arbeiten ist nach einer Möglichkeit gesucht worden, systematische Untersuchungen an Biofilmen durchzuführen. Zu diesem Zweck ist eine Probennahmebox konstruiert worden, in der acht Proben parallel gezüchtet werden können. Um Einflüsse des Substrates auszuschließen, sind Polycarbonatplatten als Aufwuchsoberflächen verwendet worden. Die Probenahmebox ist so in die Gewässer eingebracht worden, dass sich die Platten senkrecht und etwa 20 cm unter der Wasseroberfläche befanden. Des weiteren mussten die Probennahmestellen festgelegt werden. Um ein möglichst breites Spektrum an Einflussfaktoren abzudecken, ist die systematische Probennahme zum einem in einem anthropogen belasteten Fließgewässer (Saale) und zum anderen in einem stehendem Gewässer (Gartenteich) durchgeführt worden.