Mit der Textierung der zum Notre-Dame-Organum gehörenden Clausula entstand zu Beginn des 13. Jahrhunderts die Motette als völlig neue Gattung. Inhaltlich zunächst noch an die Liturgie angelehnt sonderte sich die Motette bald vom Gottesdienst ab und verband sich mit weltlichen und französischen Texten. Bereits in diesem frühen Stadium hatte die Entwicklung der Gattung eine vehemente Wirkung auf die Art der notenschriftlichen Aufzeichnung (Frankonische Notation). Spätestens am Ende des 13. Jahrhunderts verzichteten die Motetten auf die alte Art des Baues über einem Ausschnitt aus dem gregorianischen Choral. Seit dieser Zeit veranlaßten die allzu weltlichen Texte und die Unverständlichkeit der Worte den Klerus, diese Art von Musik aus der Kirche ganz zu verbannen (Durandus der Jüngere, Petrus de Palude). 1324/25 formulierte Papst Johannes XXII. in seiner Bulle "Docta sanctorum patrum" ein Verbot der Motette in der Liturgie. Damit für die Gattung nur der weltliche Bereich, in dem aber schon damals andere Formen der Musik (Ballade, Virelais und Rondeau) zu dominieren begannen. Auch wenn die Produktion neuer Motetten im 14. Jahrhundert weit hinter der einstigen Blütezeit zurückblieb, überlebte die Gattung im Kontext zeremonieller Ereignisse und nicht zuletzt mit der Überarbeitung bedeutender älterer Kompositionen.